Der Prozess zur Inanspruchnahme der Forschungszulage ist zweistufig angelegt. Zunächst wird eine Bescheinigung darüber benötigt, ob bzw. inwiefern es sich bei den umgesetzten FuE-Vorhaben um Forschung und Entwicklung (FuE) handelt. Diese Überprüfung wird die Bescheinigungsstelle Forschungszulage (BSFZ) vornehmen. In einer zweiten Stufe prüft und dokumentiert die zuständige Finanzbehörde die Umsetzung der FuE-Vorhaben.
Die Bescheinigungsstelle wird von einem Konsortium aus der VDI Technologiezentrum GmbH, der AIF Projekt GmbH sowie des Deutschen Zentrums für Luft- und Raumfahrt e. V. – DLR Projektträger mit den Standorten Bonn, Berlin, Düsseldorf und Dresden betrieben. Eine individuelle Beratung durch die BSFZ ist jedoch nicht vorgesehen.
Anträge können über das Web-Portal der BSFZ gestellt werden können. Laut BMBF sind für die Antragsbewilligungen wichtige Voraussetzungen, dass ein FuE-Vorhaben folgende Kriterien erfüllt: